Avec des chats qui ont peu l'habitude des changements et qui sont craintifs, c'est possible que le fait que vous soyez moins présente sur un laps de temps aussi long ait joué. Surtout que vous les avez eues jeunes, c'est probable que vous êtes devenu leur "référente" en matière de sécurité ; donc que, sans vous, l'anxiété ait grimpé.
Aussi, un départ de 2 ou 3 semaines, ce n'est pas la même chose qu'une baisse de présence sur toute une année. Surtout qu'après 2 ans, les chats (et les chiens aussi) sont un peu moins souples dans leur façon de s'adapter aux changements s'ils n'ont pas été régulièrement habitués à y faire face et qu'on n'a pas maintenu cette habitude. Sachant que "régulièrement", ça signifie "plusieurs fois par mois". Quelques fois par an, ça ne suffit pas à habituer/maintenir l'habitude d'un animal.
Je vois la mienne, elle n'est absolument pas craintive (je prends le bus, le métro, le train avec elle qui dort sur mes genoux, par exemple). Avant le confinement, elle réclamait les sorties en laisse. Pendant le confinement, ils ont passé un arrêté interdisant de promener les chats. En plus, un invité nous a ramené des puces + elle a attrapé un parasite interne, donc j'ai dû attendre qu'elle soit remise pour reprendre les sorties. Au final, elle a passé plus d'un an en n'étant que très peu promenée, donc de ses 2 ans à ses 3 ans et demi. A la fin de cette année, elle était devenue peureuse vis-à-vis des sorties en laisse, alors qu'elle adorait ça avant. Il a aussi fallu que je la réhabitue aux transports en commun (le train, c'est à nouveau 100% ok, mais je pense qu'elle a définitivement perdu l'habitude du bus). Ça va faire plusieurs mois qu'on a repris les sorties, mais je suis toujours en train de re-travailler certaines bases et elle commence à peine à être à nouveau détendue.
Beaucoup d'animaux avec une bonne désensibilisation à tout un tas de choses et un très bon entraînement ont été très perturbés par le confinement/déconfinement. Je connais plusieurs personnes dont le chien d'assistance (chien guide d'aveugle, chien d'aide à la mobilité...) a dû être mis à la retraite parce que le confinement a impacté le maintien de certaines habitudes en extérieur, qui n'ont pas pu être retrouvées même après un ré-entraînement.
Pour la question de savoir si elles vont retrouver leur place maintenant que vous êtes à nouveau là, ça dépend de beaucoup trop de facteurs pour pouvoir être prévisible. C'est possible, mais c'est également possible que la situation se maintienne telle qu'elle est actuellement. Je pense que le vétérinaire pourra beaucoup mieux vous aiguiller.