Beaucoup de questions !!! Je réponds si je sais et les autres compléteront ou corrigeront si je me trompe :
Pour le transport, le sac me paraît effectivement plus pratique pour "un piéton" mais l'avantage de la cage est pour le transport en voiture : en cas d'accident la cage resistera un peu plus à la pression en cas d'écrasement ou d'objet tombant dessus.
Pour les croquettes, je ne pense pas que ça pose de gros problèmes si tes chats mangent quelques croquettes destinées à l'autre. C'est plus une question d'équilibre alimentaire : un chaton a besoin de croquettes riches pour bien grandir alors que le chat adulte risque de prendre un peu de poids s'il ne mange que des croquettes chatons. Mais c'est toujours compliqué de "surveiller qui mange quoi" quand on a plusieurs chats avec une alimentation différente. Le plus gros risque est peut-être que ton chaton s'étrangle avec une croquette trop grosse pour lui.
Pour les miaulements dans la litière, à surveiller, si ça persiste, ça peut être le signe d'une infection urinaire ou autre maladie mais ça montrerait en tous cas que c'est douloureux pour lui donc pas normal. Elle ne le fait plus maintenant mais Sushi avait l'habitude de miauler dans la litière sans raison particulière, juste pour prévenir que c'est occupé peut-être
Pour les "attaques" en pleine nuit, c'est normal, il est jeune, il joue pour lui des choses qu'on ne remarque même pas sont un appel au jeu ! Et quand il te regarde en miaulant et en ronronnant, pour moi c'est juste une marque d'attachement et de confiance, comme lorsque nos chats nous regardent avec des petits yeux mi-clos et en ronronnant pandant les calins.
Pour la litière commune, observe si tu as l'impression que ça peut poser problème à un des chats mais chez moi il y a une litière pour deux et ça n'a jamais été un souci. Je pense que Berlioz apprendrait à aller jusqu'à la litière quelque soit l'endroit du moment que c'est calme (pas de bruit qui lui ferait peur par exemple) et accessible mais le plus simple me paraît le plus sure pour éviter "les accidents".